Sofia Marcos Basagoiti

Sofia Marcos Basagoiti

Lanpostua
Puesto de trabajo

Doktoregai / Doctoranda

Genetika, Antropologia Fisikoa eta Animalien Fisiologia Saila / Departamento de Genética, Antropología Física y Fisiología Animal

Formakuntza eta ibilbidea
Formación y trayectoria

Biologiako Gradua ikasi nuen EHUn eta hau amaitzean, analisi klinikoetako masterra egin nuen Bartzelonako UPFn. 2019an, Europako Horizon2020 esparruan integratutako HoloFood proiektuan parte hartzen hasi nintzen. Proiektu honetan, gaur egun, nire doktorego-tesia egiten ari naiz, non kontsumorako diren oiloen eta haien hesteetako mikrobiotaren genoma aldi berean aztertzen nabilen pre- eta probiotikoen eraginpean. 

Estudié el Grado de Biología en la UPV y al finalizar, hice un máster en análisis clínicos en la UPF de Barcelona. En 2019, inicié mi participación en el proyecto HoloFood integrado en el marco europeo Horizon2020, donde a día de hoy desarrollo mi tesis doctoral basada en el estudio simultáneo del genoma de la gallina para el consumo alimentario y de su microbiota intestinal bajo los efectos de los pre- y probióticos.

Bokazioa / motibazioa
Vocación / motivación

Nahiz eta ez dudan interes berezirik ikasketa arlo jakin batean, beti liluratuta egon naizezagutzarekin, eta bereziki ezagutza aplikatuarekin. Askotariko interes horien ondorioz, bioinformatikarekin egin dut topo, eta momentu honetan nire ahalegin guztiak biltzen ditu.

Si bien no tengo un interés específico en un área de estudio particular, siempre he estado fascinada por el conocimiento, y en especial por el conocimiento aplicado. Fruto de esos intereses diversos, me he topado con la bioinformática, que en el presente concentra mis esfuerzos.

Ikerketa-taldea eta ikerketa-lerroak
Grupo de investigación y líneas de investigación

Gaur egun, Genomika eta Bioinformatika Aplikatuaren taldeko kidea naiz, Andone Estonbak (EHUko Genetitako katedraduna) eta Antton Alberdik (Kopenhageko GLOBE institutuko irakasle elkartua) gainbegiratua. Gure taldean laborategiko metodoak eta tresna informatikoak erabiltzen ditugu animalia- eta landare-espezieen kontserbazio eta kudeaketa jasangarrian laguntzeko. Horretarako, nekazaritza-espezieen genoma aztertzen dugu (erlea, oiloa, sardina, antxoa, …), bai eta horiekin lotutako edo kultiboetako (mahastiak, txakolina, pinua, oloa, …)mikroorganismoen DNA ere. Nik HoloFood-en aztertutako bi oilo-arrazen aldakortasun genomikoa eta horrek hesteetako mikrobio-komunitatean duen eragina aztertzen dihardut.

Actualmente soy miembro del grupo de Genómica y Bioinformática aplicada, bajo la supervisión de Andone Estonba (catedrática de Genética en la UPV) y Antton Alberdi (profesor asociado en el instituto GLOBE, Universidad de Copenhague). En nuestro grupo utilizamos métodos de laboratorio yherramientas informáticas para contribuir a la conservación y gestión sostenibles de especies animales y vegetales estudiando el genoma de especies agrícolas (abejas, gallinas, sardinas, anchoas, …) y en ocasiones el ADN de los microorganismos asociados de estas mismas especies o de los cultivos (viñedos, txakoli, pino, avena, …). Yo me dedico alanálisis de la variabilidad genómica de las dos razas de gallina estudiadas en HoloFood y su impacto en la comunidad microbiana intestinal.

Alderdi aipagarriak
Aspectos destacables

Proiektu honi dagokionez, bi alderdi nabarmenduko nituzke. Lehenbizikoa, HoloFood jakintza-alor anitzekoa dela. Hasieratik parte hartu izanak, horrelako proiektuen tamaina eta konplexutasuna ulertzekobalio izan dit. Bigarrena, proiektu honek animaliak hainbat geruzetatik aztertzen dituela: DNA, RNA, proteinak etaparametro immunologikoakzeinfisiologikoak. Ikerketa berean hainbeste geruza izateak organismoetan esku hartzen duten prozesu molekularren sare amaigabeaz ohartu naiz, eta horiek guztiak aztertzearen garrantziaz.

Sobre este proyecto, destacaría dos aspectos. El primero, el carácter multidisciplinar de HoloFood. El haber participado desde sus inicios me ha servido para comprender la magnitud y la complejidad de este tipo de proyectos. El segundo, este proyecto estudia los animales desde distintas capas: el ADN, el ARN, las proteínas yparámetros inmunológicos y de crecimiento. El tener tantas capas en un mismo estudio me ha hecho darme cuenta de la interminable red de procesos moleculares que intervienen dentro de los organismos, y la importancia de estudiarlos todos.

Europako proiektuak
Proyectos europeos

HoloFood Europako H2020 Berrikuntza Ekintza da, Europako 6 herrialdetako 10 bazkidek osatua. Proiektuak ikuspegi holistikoa erabiltzen du elikagaiak ekoizteko sistemen eraginkortasuna hobetzeko, animalien eta haiei lotutako mikroorganismoen arteko elkarrekintza biokimikoak aztertuz. Ikuspegi holistiko hau oso desberdinak baina mundu osoan kontsumituak diren bi espezieen interakzio biokimikoak aztertzeko ezarri da: oiloa eta izokina. Sortutako ezagutzak dagoeneko erabiltzen diren pre- eta prebiotikoendosifikazio-estrategiakoptimizatzeko erabiliko dira, horrela, aurrekari genetikoetara, animalien garapen-etapara eta ekoizpen-ingurunera egokitzeko. Azken helburua animaliengandik datozen elikagaien kopurua, kalitatea eta segurtasuna hobetzea da, baita ekoizpenaren jasangarritasuna eta animalien ongizatea areagotzea ere.

HoloFood es una Acción de Innovación Europea H2020, compuesta por 10 socios de 6 países europeos, que muestra un enfoque holístico para mejorar la eficiencia de los sistemas de producción de alimentos mediante el estudio de las interacciones bioquímicas entre los animales y sus microorganismos asociados. Esta perspectiva holística se ha implementado en las interacciones bioquímicas de dos especies muy distintas, pero mundialmente consumidas: la gallina y el salmón. Los conocimientos generados se utilizarán para optimizar las estrategias de administración pre- y probióticos ya en uso, adaptándolos a los antecedentes genéticos y a la etapa de desarrollo de los animales, así como al entorno de producción. El objetivo final es mejorar la cantidad, la calidad y la seguridad de los alimentos producidos, así como la sostenibilidad de la producción de alimentos y el aumento del bienestar de los animales. 

Etorkizunari begira…
Mirando al futuro…

Nire lana baliagarria izatea gustatuko litzaidake etorkizunean alor honetan lanean arituko diren ikertzaileentzat.

Me gustaría que mi trabajo fuese útil para futuros investigadores trabajando en este campo.